Sezaryen doğumun alerjik rinit, astım ve yiyecek alerjisi üzere rahatsızlıklara karşı orta derece bir risk oluşturduğu uzun müddettir bilinmektedir. Bebeklerin bu tıp allerjik hastalıklara yakalanmaması için bağırsaklarındaki bakteri florasının birinci oluşum etabı çok değerlidir. Bu floranın temeli bebeğin annenin doğum kanalında ilerlerken vajen florası ile müsabakası esnasında atılmış olur. Yapılan çalışmalar sezaryen ile doğan bebeklerin bağırsak florasında faydalı bakteriler olarak bilinen Bacterioides ve Bifidobakterium’un vajinal yolla doğan bebeklere kıyasla daha az olduğunu göstermektedir.
Vajinal yoldan doğan bebekler üzere sezaryen ile doğan bebeklerin de annelerinin vajinal mikrobiyolojik ortamı ile temas etmesi için sezaryen sırasında vajinadan alınan sürüntünün yeni doğan bebeğin ağzına, gözlerine, yüzüne, cildine sürülmesi süreci “vajinal tohumlama” olarak isimlendirilir. New York Universitesi’nden mikrobiyolog Maria Gloria Dominguez-Bello, sezaryen doğumla dünyaya gelen bebeklerin vajen florasının gözetici tesirinden yararlanmak maksadıyla yaptığı çalışmada bebeklerin gözlerine, ağızlarına ve ciltlerine annelerinin vajinalarından alınmış örnekleri sürmüş ve olumlu tesirlerinin olduğu görülmüştür. Sezaryen doğumda vajinal tohumlama yapılan bebekler ile yapılmayan bebekler karşılaştırıldığında, vajinal tohumlama yapılan bebeklerdeki bağırsak florasının olağan doğum yapanlardakine emsal olduğu bulunmuştur. Bu durumun da sezaryen doğumun artırdığı allerjik hastalılara yakalanma riskini kıymetli oranda engelleyeceği düşünülmüştür. Lakin vajinal tohumlamanın fayda ve zararlarıyla ilgili araştırma sonuçları şimdi sonludur. Annenin vajeninde Küme B streptekok, klamidya, gonore ve herpes simplex üzere ziyanlı enfeksiyon casusları olabilir ve bu süreçle enfeksiyon bebeğe taşınabilir. Bu nedenle bu süreci yaptırmak isteyen annelere doğum öncesinde jinekolojik muayenelerinin yapılıp, vajen kültür testlerinin alınarak bebeğe ziyan verecek rastgele bakteri yada virüs bulunmadığına emin olunması durumunda yaptırmaları önerilir. Ayrıyeten bu uygulamanın uzun devir yaralarıyla da ilgili bilimsel ispatlar yetersiz olup vajinal tohumlamayı annelere rutin olarak önermek için daha çok sayıda çalışmaya gereksinim duyulmaktadır.
