Tüp bebek tedavisinde döllenme süreci yapıldıktan sonra, embriyo transfer süreci 2 ila 5 gün olmakla birlikte ekseriyetle 3 gün sonra yapılır. Tedavide gelinen bu etapta döllenme (fertilizasyon) elde edildikten sonra tabip ve embriyologlar tarafından belirlenen sayıda ki embriyo anne adayının rahmine yerleştirilir. Bu sürece embriyo transferi denir.
Embriyo transferi yapılacakken bayanın yaşı, daha evvelki tüp bebek denemeleri, yumurta ve sperm kalitesi, embriyo sayısı ve kalitesi göz önüne alınmaktadır. Rahim boynu ve açısının düz olması ve uygulanacak sürecin daha rahat yapılabilmesi için idrar kesesinin (mesane) dolu olması gerekmektedir. Bunun için süreçten en az bir saat evvel hemşirenin haber vermesiyle yaklaşık olarak 3 litre su içilmelidir ve tuvalete gidilmemelidir.
Embriyo transferi yapılırken hasta jinekolojik muayene konumunda hazırlanır. Embriyolog transfer edilecek embriyoları süreç için hazırlanan bir kateter içinde laboratuvardan getirir. Hekim ultrason eşliğinde bu embriyoları anne adayının rahmine yerleştirir. Bu Transfer ağrı ve rahatsızlık yaratan bir süreç olmadığından anestezi gerekmeyip 5 ila 10 dakika süren kısa bir süreçtir. Bu nedenle transfer yapıldıktan bir iki saat istirahat altında tutulduktan sonra hasta taburcu edilebilir.
Hastanın ağır iş yapmaması tembih edilerek olağan hayatını sürdürmesi önerilir. Embriyo transferinden 12 gün sonra hastaya kanda gebelik testi(BHCG) yaptırılır. Testin olumlu sonuç vermesi durumunda 14. Gün test tekrar yapılır. Gebelik katılaştıktan sonra hasta denetim muayenesi için çağrılır. Ultrasonografi ile rahim içerisinde oluşan gebelik kesesi saptanır ve yaklaşık 8 haftalık iken bebeğin kalp atışları dinlenerek hasta olağan gebelik takibine alınır.