Tedavinin iptal edilmesi: Hastaların tedaviye beklenen karşılığı vermemesi, kâfi sayıda yumurta oluşmaması durumunda olur.
Yumurta bulunamaması: Bilhassa yaşı ileri ve yumurtalık rezervi düşük bayanlarda yumurta kâfi büyüklüğe ulaşmasına rağmen yumurta toplama süreci sırasında hiç yumurta bulunamayabilir.
Transfer zorluğu: Bayanın anatomik sorunları nedeniyle embriyo transferi çok sıkıntı olabilir. Bu üzere durumlarda gebelik talihi düşmektedir.
Sperm bulunamaması: TESE uygulanan hastaların yaklaşık %40’ında sperm bulunamaz ve tedavi iptal edilmek zorunda kalınır.
Döllenmenin olmaması: Ender bir durumdur.
Gebelik testi öncesi kanama: Test gününden evvel kanaması olanlarda gebelik talihi düşmekle birlikte gebelik olmadığı manasına gelmez.
Dış gebelik mümkünlüğü: Tüp bebek uygulamalarından sonra dış gebelik ihtimali %1-3 ortasındadır.
Ovarian Hiperstimülasyon sendromu (OHSS): OHSS’nin kesin nedeni bilinmemektedir. Birtakım hastaların yumurtalıkları uyarılmaya çok karşılık verir ve bu hastalarda uyarılmayı izleyen iki hafta içerisinde kimi yan tesirler meydana gelebilir. Bu durum karın boşluğu ile başka beden boşluklarında sıvı toplanması halinde ortaya çıkar. Belirtiler şişkinlik, alt karın ağrısı, bulantı, kusma, ishal, ağır olaylarda nefes darlığı ve kan pıhtılaşmasında artış formundadır. Tüp bebek uygulanan hastaların birçoklarında hafif belirtiler görülebilmekle birlikte hastaların %5’inde durum giderek daha şiddetlenir ve bu hastaların hastanede yatarak tedavisi gereklidir. OHSS açısından riskli olan şahıslarda tedavi iptal edilebilir yahut yumurtalar toplandıktan sonra embriyo transferi ertelenebilir ve yumurtalar dondurulabilir ya da ilaç dozu düşürülebilir.